南京军区南京总医院是一所医教研协调发展的大型综合性三级甲等医院。医院现展开床位1600张。设有51个科室，其中临床科室27个，医技科室24个。建有国家重点学科1个，国家(全军)临床药理基地1个；全军医学研究所2个，全军“十五”重中之重学科2个，全军器官移植及肾脏病重点实验室2个，全军医学检验中心1个，全军优生优育指导中心1个；军区级医学研究所2个，军区级医学专科中心10个；江苏省医学重点实验室2个，江苏省重点学科3个，江苏省实验动物清洁级(大小鼠)基地1个；设有临床科实验室18个，ICU、CCU病房8个。